CORESERVERでパーミッションの変更が出来ない

EC CUBEなんかで新規ページを制作したphpファイルのパーミッション（属性）を755とか777に変更したくて、ffftp等のftpでファイルのパーミッションの変更が出来ない場合。

大概ファイルマネージャーで確認すると所有者やグループがapachになっている場合が多い。
ファイルマネージャーから属性や権限を変更する事も出来ないので、生成したファイルをダウンロードし、ファイルマネージャーから該当ファイルを削除し、ftpでダウンロードしたファイルをアップロード。そしてパーミッションを変更する。

相当メンドウだが、現在解決できる手法はこれだけなので…。